SAP2000 realiza un modelado alámbrico de un modelo estructural, en el que cada barra o elemento tiene unas propiedades que definimos a posteriori que son las que lo caracterizan. Por tanto, no es posible aplicar cargas en distintas partes de la sección de un elemento. Se que te refieres a las excentricidades que pueden provocar al estar aplicadas fuera del centro de la sección, pero en realidad si todo es ideal serían poco apreciables.

El modelo se puede hacer con vigas y placas como sugieres, simplemente aumentaría el grado de complejidad y los resultados quizá fuesen más finos en cuanto a tensiones últimas. En este ejemplo se hace así, como un modelo de vigas, porque es lo usual, y además es bastante preciso y rápido de hacer.

Si utilizas la opción "Joint Offset" estarás situando nodos fuera del modelo, y portanto, no tendrá continuidad. Se modelizaría todo en el mismo plano.

El módulo torsional de la sección rectangular está bien definido, es la suma de las dos expresiones que me pones en el correo, tal y como está en los apuntes del curso.