A lo que me refería ayer, es que cuando le das a la opción de Longest flow path, antes de realizarla te tiene que salir una ventana donde por defecto te la completa con una serie de archivos que por defectos el mismo programa rellena. Comprueba esa ventana antes de darle a aceptar si los archivos que contiene son los mismo que los que aparecen en el guion.

De todas maneras como te comente ayer intenta llegar al final del ejercicio realizando los pasos que te deje hacer, porque algunos son mero trámite y se pueden obviar. En cuanto a la reinstalación del ArcMap, espero que no sea necesario, y no sé si en el caso que estamos hablando serviría de mucho, porque sólo te falla en un punto muy concreto.

En cuanto si se pueden fusionar subcuencas con el hms, me imagino que te referirás al geohms, no al programa hms en sí, ya que el funcionamiento del programa no permite la fusión de subcuencas, porque trabaja a través de iconos y éstos son los que marcan el número de subcuencas. Puedes tener una imagen de fondo con 20 subcuencas pero poner sólo 1. Si te refieres al geohms si se pueden fusionar, tal y como viene en los guiones y videos con la opción de Basin Merge.