Por lo que veo en tu captura de pantalla, parece que es un problema de memora, y es que claro recortar una ortofoto y un MDT tiene su tarea debido a lo que pesan. Te mando una posible solución a ver si con esto mejora.

Vamos a probar a modificar la memoria de gvSIG ya que influye directamente, y el algunos casos se ha solucionado el error por fallo de memoria. Es un problema de memoria de gvsig que habrá que modificar, básicamente es que tu ordenador se queda corto de memoria a la hora de cargar la capa. Puedes probar a subirle la memoria con la que trabaja gvSIG. Por defecto gvSIG arranca con 500 megas, que es la configuración mínima, pero si tu equipo dispone de más RAM, puedes editar para Windows el fichero gvSIG.ini. o para Linux el fichero gvSIG.sh.

Para ello, abre el fichero gvSIG.ini o gvSIG.sh (con el bloc de notas) que está en la carpeta "bin" , que la puedes encontrar en la carpeta que se ha creado al instalar gvSIG y donde pone -Xmx500m puedes cambiarlo por -Xmx1024m, de este modo se lanzará con 1024 megas (1GB).Puedes asignarle incluso más memoria (2048), aunque esto último no lo recomiendo si tu ordenador es tiene el sistema operativo XP ya que no puede manejar más de 3 gb de Ram. Prueba con 1000 y no más a ver qué tal, si funciona perfecto, si no, y sólo si tu ordenador posee un Windows vista o superior, podrías probar a aumentar a 2048, siempre claro tu memoria Ram sea de al menos 4 GB.

Aunque ya te comento que por el fallo que me comentas, el equipo donde tienes instalado gvsig, será quizás un poco antiguo. Pero vamos poco a poco a ver si se puede solucionar.